داروهایی علیه COVID-19

تجزیه و تحلیل مبتنی بر شبکه سیلیکو از داروهایی که علیه COVID-19 استفاده می شود

چکیده
محققان در سراسر جهان با تلاش فراوان در جستجوی داروها و استفاده مجدد از آنها ممکن است به طور بالقوه در مبارزه با ویروس کرونا موثر واقع شوند. این داروها مهار نشان می دهند اما عوارض جانبی و عوارضی نیز نشان می دهند. در 27 دسامبر سال 2020 ، 80926235 مورد در سراسر جهان گزارش شده است. به طور مشخص ، در پاکستان ، 471،335 نفر با مرگ غیر قابل توجه گزارش شده است.
شناسایی مسیر داروهای COVID-19 از طریق متقابل ژن دارو و ژن-ژن برای یافتن مهمترین ژنهای موجود در مسیر برای مقابله با علت واقعی عوارض جانبی فراتر از اثرات مفید داروها می باشد.

مواد و روش های تست
داروهایی که برای درمان COVID-19 استفاده می شوند از بانک دارو بازیابی می شوند. اثر متقابل ژن دارو با استفاده از بانک اطلاعات متقابل ژن دارو برای بررسی ارتباط بین ژن ها و داروها انجام شد. شبکه های ژن ها توسط Gene MANIA ساخته شده اند ، در حالی که از Cytoscape برای بررسی ارتباط عملکرد فعال ژن مورد هدف استفاده می شود. سیستم های توسعه یافته با استفاده از ابزار EnrichNet اعتبار سنجی کرده و مسیرهای مربوط به ژن های دارویی را با استفاده از Reactome و STRING شناسایی می کنند.

نتایج:

 پنج دارو Azithromycin ، Bevacizumab ، CQ ، HCQ و Lopinavir بازیابی می شوند. تعامل ژنی دارو چندین ژن را نشان می دهد که توسط این دارو هدف قرار می گیرند. شبکه تعامل ژن MANIA نشان دهنده ارتباط عملکردی ژن ها از جمله بیان همزمان ، تعامل بدنی ، پیش بینی شده ، کنش متقابل ژنتیکی ، محلی سازی مشترک و حوزه های پروتئینی مشترک است.

مطالعه ما مسیرهای مربوط به هر دارویی را نشان می دهد که در آن ژن ها و داروهای هدف دار نقش مهمی دارند ، که به متخصصین آزمایشگاهی کمک می کند تا بر عوارض جانبی این داروها غلبه کنند و با آنها مقابله کنند ، زیرا از تجزیه و تحلیل تیین سیلیکوژن thein-silicogene- برای داروهای COVID-19 استفاده می کنیم.

Introduction

دانشمندان در سراسر جهان با تلاش فراوان برای جستجوی و استفاده مجدد از داروها ، می توانند به طور بالقوه در مبارزه با ویروس کرونا موثر باشند.

این یکی از بیماریزای پیشرو با تظاهرات بالینی با ذات الریه ویروسی بود. بر اساس تخمین داده های جمع آوری شده توسط شاخص جهانی در 27 دسامبر سال 2020 ، 80926235 مورد COVID-19 در سراسر جهان گزارش شده است. از این تعداد 1،768،844 درگذشت و 57،115،759 بهبود یافت ، اما هنوز تعداد بیماران 22،041،632 بیمار بود که 21،936،388 (99.5٪) در وضعیت خفیف و در حالی که 105244 (0.5٪) در شرایط بحرانی بودند.

در تاریخ 31 دسامبر 2019 ، موارد ناشناخته ذات الریه در شهر ووهان توسط کمیسیون بهداشت Hubei pro-vince ، چین ، با تظاهرات بالینی با ذات الریه ویروسی گزارش شد. تأیید شد که ویروس متعلق به خانواده coronaviridae  و زیر خانواده Orthocoronavirinae است.

ویروس کروناویروس دارای پوشش ،non-segmented و غیر قطعه قطعه با ژنوم RNA به صورت تک رشته مثبت است. علائم و نشانه های متداول سرفه ویروس کرونا ، دشواری در تنفس ، پیرکسی ، ذات الریه بسیار کشنده و اشکال مهم تر عبارتند از عفونت کلیه ، گیجی ، اسهال ، رینوره ، استفراغ و حالت تهوع. به احتمال زیاد شهروندان سالخورده تحت تأثیر این بیماری قرار می گیرند.

چندین دارو برای مبارزه با COVID-19 مورد استفاده قرار گرفت. ماژورونها شامل آزیترومایسین ، بواسیزوماب ، کلروکین ، هیدروکسی کلروکین و لوپیناویر آزیترومایسین یک داروی ضد میکروبی ماکرولید آنتی بیوتیک با طیف گسترده بود. اینها به طور گسترده ای برای شرایط تنفسی ، روده ای و عفونی استفاده می شدند. یک مطالعه توسط دولت فرانسه اظهار داشت که ترکیبی از آزیترومایسین و هیدروکسی کلروکین می تواند برای SARS-2 ایجاد شود زیرا این ترکیبات به خوبی بیماران را تحمل می کنند ، اما مطالعات بیشتری در این زمینه انجام می شود. همراه با درد شکم ، مشکلات مربوط به سیستم داخلی محیط داخلی (عمدتاً سرگیجه یا سردرد ، یا هر دوی آنها) و همچنین حالت تهوع مشخص می شود. اثر سو نیز با توجه به سن بیمار متفاوت است.

Bevacizumab یک آنتی بادی مونو کلونال ایمونوگلوبولین انسانی سازه نوترکیب مونو کلونال (Ig) G1 فاکتور رشد اندوتلیال عروقی-مهار کننده آنژیوژنز بود که به هر یک از ایزوفرم های فاکتور رشد اندوتلیال عروقی انسان حلقوی حلقوی (VEGF) ، VEGF-A متصل می شود. Bevacizumab از نظر مدیریت و تحمل بیمار نسبتاً آسان بود و ممکن است نتایج مطلوبتری داشته باشد. اما این می تواند عوارض جانبی بالقوه جدی داشته باشد که می تواند منجر به بیماری جدی شود. برجسته ترین عوارض جانبی فشار خون بالا (HTN) ، ترومب-بومبولیسم -throm-boembolism-، پروتئینوریا و افزایش مداوم فشار خون شریانی است که باعث مانع قلب و عروق ، خونریزی و تأخیر می شود. ترمیم زخم ، و حوادث گوارشی. موارد نادری از یک معضل فشار خون بالا با ساب آراکنوئید و انسفالوپاتی شرح داده شده است. Bevacizumab در حال معاینه برای درمان COVID-19 و طغیان آن بود ، اما تجویز آن به دلیل عوارض جدی احتمالی آن محدود بود. کلروکین یک عامل ضد مالاریا بود. عوارض جانبی قابل توجهی شامل پریشانی دستگاه گوارش ، حالت تهوع ، استفراغ ، اسهال ، گرفتگی شکم ، نتیجه آریتمی های بطنی ، افت قند خون در بیماران دیابتی و سمیت عصبی در سردردهای وزوز گوش ، نوسانات خلقی ، آنمیا همولیتیک در افراد با کمبود G6PD بود. در برخی از بیماران ، افزایش طول QTc و آریتمی های قلبی قابل توجه است. اثرات سو بر سیستم های خون ، کبد و کلیه دارد. این داروها همچنین ممکن است منجر به سمیت قلبی شوند ، منجر به آسیب جبران ناپذیر و مرگ شوند. عوارض جانبی آنها به خوبی شناخته شده بود و می تواند از اثرات روانشناختی گرفته تا آریتمی و مرگ ناگهانی باشد.

هیدروکسی کلروکین و کلروکین به عنوان  تغییر دهنده بالقوه COVID-19 ثبت شده اند. اگرچه هیدروکسی کلروکین کمتر توکسیکتان کلروکین بود و به خوبی تحمل می شود. بسیاری از عوارض گزارش شده است ، از جمله عوارض چشمی ، عمدتا رسوب قرنیه ، عوارض جانبی قلب و عروق ، تشنج های پوستی ، عوارض جانبی عصبی ، عوارض جانبی کبد ، عوارض زخم دهانه رحم معده. در حال حاضر ، حداقل 80 آزمایش کلروکین ، هیدروکسی کلروکین ، یا هر دو ، همراه با سایر داروها ، در سطح جهانی ثبت شده است. برای استفاده تایید شده از داروها ، اداره غذا و دارو به طور مداوم داده های منتشر شده را ارزیابی می کند. با درخواست BARDA ، در تاریخ 28 مارس 2020 ، FDA اعلام کرد که دو روش درمانی عمده CQ و HCQ به طور اورژانسی برای COVID-19 مورد استفاده قرار می گیرند اما در 15 ژوئن 2020 ، FDA استفاده از آن را رد کرد اما مطالعات هنوز وجود دارد که نشان می دهد استفاده منطقی از CQ و HCQ برای بیماران covid-19 . بنابراین ، هر دو کلروکین و هیدروکسی کلروکین نیز در این مطالعه قرار گرفتند. لوپیناویر یک مهار کننده پروتئاز ضد رترو ویروسی بود. عوارض متعددی مانند عوارض جانبی گوارشی – بیضه ای از جمله بی اشتهایی ، حالت تهوع ، ناراحتی شکمی یا اسهال و همچنین دو عارضه جانبی جدی گزارش شده است ، هر دو نوع ورم معده. چنین عوارض جانبی ، از جمله آسیب کبدی آتیک ، پانکراتیت ، پارگی پوستی شدیدتر و خطرات تکثیر QT ، و توانایی تعامل با داروهای چند جانبه به دلیل ممنوعیت CYP3A ، کاملاً مستند است. در مراقبت های پزشکی COVID-19 ، هیچ مزیتی مشاهده نشد. اما برخی از مزایای ثانویه را نشان داد Arabi و همکاران (2018) گزارش کرد که عوارض جانبی بسیار ضعیف همراه با ترکیبی از لوپینا ویروس در 41 بیمار مبتلا به SARS-2 همراه است. لوپیناویر توسط کمیسیون ملی بهداشت و مدیریت ملی طب سنتی چینی به عنوان داروی COVID-19 مورد توصیه قرار گرفته است. درمان های آزمایشگاهی و حساسیت ضد ویروسی توصیه شده نشان می دهد که اثر سیتوپاتیک ویروس کرونا ویروس SARS توسط آن مهار شده است.

اثر متقابل دارو و ژن نشان می دهد که چگونه ژنهای جهش یافته می توانند در معالجه قرار گیرند و تولید دارو در اولویت قرار دارد. پایگاه داده ها و ابزارها چهره ای قدرتمند برای یافتن و جستجوی لیست های ژنی در برابر فعل و انفعالات ژن دارو و ترکیبات احتمالی فعل و انفعالات “ژن دارو” در یک منبع واحد فراهم می کنند. برهم کنش های ژن ژنی مجموعه ای از ژن ها را مشخص می کند که به احتمال زیاد بر اساس فعل و انفعال آنها با آن ژن یک عملکرد مشترک است. در تجزیه و تحلیل عملکردی در مقیاس بزرگ ، برآورد ارتباط فعال بین مجموعه پروتئین پروتئین ژن مشتق. برای این منظور ، تجزیه و تحلیل غنی سازی بیش از پیش از روش پرکاربرد استفاده شد. با این وجود ، غنی سازی امتیازاتی برای اندازه گیری ارتباطات عملکردی ژن ها فراهم می کند. تجزیه و تحلیل مسیر غنی سازی تحقیقات زیست پزشکی و فیزیولوژیکی کاملی را   ارائه می دهد.

. در این کار تحقیقاتی ، wein-silicoexamine این داروها را بررسی کرده و به متخصصان دعوت می کند تا عوارض جانبی فراتر از اثرات مفید آن را از بین ببرند.

ما می فهمیم که مهمترین ژنهای مورد هدف دارو و همچنین فعل و انفعالات ژن-ژن آن انجام شده است. راه ها نیز همراه با تأیید نقشه شناسائی کننده ژن لازم برای مقابله با عوارض مرتبط با دارو مشخص شد.

  1. Materials and methods

2.1. Selection of disease through literature

اولین گام انتخاب تهدید کننده ترین ویروس به نام SARS-2 از طریق ادبیات است که به ما در تدوین و تجزیه و تحلیل بیانیه مسئله کمک می کند. این بیماری بر اساس شدت آن انتخاب شد. همچنین برای کمک به غلبه و از بین بردن عوارض و عوارض دارو ، نیاز به زمان بود. (seeFig. 1)

 

 نمودار شماتیک نشان می دهد که روش کلی اتخاذ شده برای کار شامل استخراج دارو ، تداخل ژنی دارو ، تعامل ژن و ژن و تجزیه و تحلیل مسیر است.

2.2. Selection of drugs used against COVID-19 from DrugBank

در مرحله دوم ، داروهایی که علیه COVID-19 استفاده می شدند از DrugBank بازیابی شدند (https://www.drugbank.ca/).DrugBank یک پایگاه داده آنلاین جامع ، به طور گسترده تعریف شده ، آزادانه در دسترس بود که شامل بیوشیمی و دارویی در مقیاس بزرگ بود اطلاعات عاملی برای مواد مخدر ، مکانیسم های آنها و میزان مصرف آنها. توسعه ، نگهداری و بهبود یافته توسط نظرسنجی های گسترده توسط متخصصان خاص حوزه و متصدیان ماهر انجام شده است.

2.3. The drug-gene interaction using drug gene interaction database

در مرحله سوم ، تعامل ژن دارویی با استفاده از پایگاه داده تعامل ژن دارو (DGIdb) (http://www.dgidb.org/) بر روی داروهای انتخاب شده انجام شد. پایگاه داده تعامل ژن دارو (DGIdb) یک منبع نرم افزاری منبع باز برای ایجاد فرضیاتی از مقالات ، پایگاه های داده و منابع وب بود.

2.4. Gene-Gene interaction using GeneMANIA

در مرحله چهارم ، لیست پرس و جو از ژن هایی که از اثر متقابل دارو و ژن به دست آمده اند ، به GeneMANIA داده شد. GeneMANIA وزن های منابع داده را بر اساس مقدار پیش بینی شده آنها برای برقراری مجدد لیست پرس و جو آزمایش کرد. GeneMANIA در مورد عملکرد ژن ، تجزیه و تحلیل لیست ژن ها و اولویت بندی ژن های عملکردی برای ارزیابی عملکرد ، مشخصات ویژه ای تولید می کند. سپس لیست پرسش ها را با ژن های تقریباً یکسانی که دارای ویژگیهای مشترک با ژنهای جستجوی اولیه بودند ، گسترش داد و یک شبکه ارتباطی متقابل و قابل اجرا را نمایش داد که به ژنها اجازه می دهد رابطه بین مجموعه داده ها را نشان دهند.

2.5. The development of gene-gene interaction network

در گام پنجم ، برای برآورد دقیق شبکه ژنی ژنی ، از Cytoscape استفاده شد. Cytoscape یک نرم افزار کاملاً قدرتمند ، فوق العاده و دارای یکپارچه سازی مثبت برای تجسم و تفسیر سیستم ها بود. Cytoscape همچنین اجازه می دهد تا ادغام دلخواه داده ها ، نمایش گرافیکی ، داده های یکپارچه ، ابزارهای انتخاب و فیلتر کردن و پلاگین ها برای پیاده سازی روش های خارجی برای یک رابط بهتر. در این مرحله از Cytoscape ، لبه های تکراری برداشته شد ، و یک طرح مناسب cho-sen بود. همچنین ، برای تجزیه و تحلیل دقیق ، سهم هر یک از عملکردهای ژن ، اشکال و رنگهای مختلف انتخاب شد.

2.6. Network-based pathway enrichment analysis

برای ارتباط عملکردی بین ژن ها ، از EnrichNet (http://www.enrichnet.org) در مرحله آخر استفاده شد. تجزیه و تحلیل غنی سازی بر روی مجموعه ای از ژن های ژن های متقابل ژن دارو و ژن به دست آمده از طریق GeneMANIA اعمال شد. از راکتوم برای مسیرها و فرایندها برای تجزیه و تحلیل ، تجسم و تفسیر لیست ژنهای جستجوگر استفاده شد. توزیع فاصله شبکه  ، اهمیت ژن های همپوشانی همچنین ، نقشه برداری از شناسه ژن با تجزیه و تحلیل غنی سازی انجام شد.

Results

از طریق بررسی مداوم ، متوجه می شویم که دانشمندان در جستجوی مواد مخدر هستند که در مبارزه با ویروس کرونا ویروس استفاده می کنند. این داروها از طریق ویروس کرونا مورد استفاده قرار گرفتند. COVID-19 از طریق DrugBank بازیابی شد. موتور جستجوی DrugBank داروهای بی شماری را تولید می کند که برای درمان COVID-19 استفاده می شد. اما پنج داروی مهم برای تجزیه و تحلیل ، تفسیر و تجسم انتخاب شدند (جدول 1). آزیترومایسین ، Beva-cizumab ، کلروکین ، هیدروکسی کلروکین و لوپیناویر که در شکل نشان داده شده است. 2 و همچنین جزئیات جدول 1.

در مرحله بعدی ، یکی از مراحل مهم این روش ، جذب ژنی دارو از طریق پایگاه داده تعامل دارو با ژن بود که به اختصار DGIdb نامیده می شود. نتایج نشان داد که این دارو 9 ژن ، 37 ژن ، 9 ژن و 3 ژن برای آزیترومایسین ، Beva-cizumab ، Chloroquine ، -Hydroxychloroquine ، lopinavir ، بطور اختصاصی را هدف قرار داده است (جدول 2).

تعامل ژن و ژن با استفاده از GeneMANIA انجام شد که الگوریتم تلفیق شبکه چند انجمن ژنی بود ، مجموعه ای گسترده از داده های ارتباط عملکردی. GeneMANIA حاوی 29 ژن است که برای Azi-thromycin ، 72 ژن برای Bevacizumab ، 25 ژن برای کلروکین ، 29 ژن برای هیدروکسی کلروکین و 23 ژن برای لوپیناویر با یکدیگر تعامل داشتند. (شکل 3–7).
بعد ، برای تخمین صریح ، لبه های تکراری برای هر شبکه تجزیه ژنی از طریق Cytoscape برداشته شد. برای اثر متقابل ژن و ژن دارویی آزیترو-مایسین ، 89 لبه تکراری ، برای Beva-cizumab 669 لبه های یکسان ، برای کلروکین 97 لبه های مشابه ، فورهیدروکسی کلروکوین 174 لبه دقیق ، و لوپیناویر 111 بسیار لبه ها برداشته شده و یک طرح مناسب برای ایجاد یک شفافیت انتخاب شده است عکس شبکه. بیان مشترک ، تعامل بدنی ، مسیر ، پیش بینی ، تبادل ژنتیکی ، محلی سازی مشترک ، پروتئین دامین مشترک و هیچ گروه شبکه مشخصی (اما در عملکرد موجود است) با اشکال مختلف برای تجزیه و تحلیل دقیق عملکرد و رنگ هر ژن نشان داده شده است (شکل ها .3–7).

در آزیترومایسین ، خروجی 29 ژن تولید شد که با یکدیگر تعامل داشتند. اینها عمدتا در فرایند بیوسنتز سیکلنکلئوتید ، فرایند بیوسنتز نوکلئوتید ، فرایند بیوسنتز نوکلئوتید پورین ، فرایند بیوسینکتیک نوکلئوتید حلقوی ، فرآیند متابولیک نوکلئوتید پورین حلقوی ، تنظیم روند متابولیک نوکلئوتید حلقوی و تنظیم مثبت فعالیت سیکلاز نقش داشتند. خروجی 72 ژن ایجاد شد که با یکدیگر تعامل نداشتند ، که بیشتر در مهاجرت لکوسیت ، تنظیم کموتاکسی مثبت و مسیر سیگنال گیرنده های Fc ​​، سیگنالینگ واسطه فسفاتیدیلینوزیتول ، سیگنالینگ با واسطه لیپید ، تنظیم مثبت آبشار MAPK ، و مهاجرت سلولی. برای کلروکین ، 25 ژن تولید شد که با یکدیگر تعامل نداشتند ، که بیشتر در فرآیند متابولیک گلوتاتیون ، فعالیت گلوتاتیون ترانسفراز ، فرآیند متابولیک پپتید و فرآیند متابولیک آمید سلول ، فرآیند متابولیک اسید آمینه اصلاح شده سلولی و متابولیک گلوتاتیون غیر مشتق فرآیند. برای هیدروکسی کلروکین ، خروجی 29 ژن ایجاد شد که با یکدیگر تعامل داشتند ، که بیشتر درگیر جمع شدن تولید اینترلوکین -8 ، تولید اینترلوکین -8 ، تنظیم مثبت پاسخ دفاعی ، تنظیم فرآیند سیتوکین بیوسنتز ، تنظیم مثبت سیتوکین بودند. فرآیند بیوسنتز ، فرآیند بیوسنتز سیتوکین و فرآیند متابولیسم سیتوکین.

برای لوپیناویر ، خروجی 23 ژن تولید شد که در یکدیگر متقابل نبودند ، که عمدتا در انتقال اسید صفراوی و نمک صفراوی ، فرآیند متابولیک اسید صفراوی ، انتقال مونوکاربوکسیلیک اسید ، کموتاکسی سلول ، فعالیت انتقال دهنده آنیون آلی ، قسمت آپیکال سلول و سدیم نقش داشتند. انتقال آنیون آلی مستقل. مجموعه ژن های به دست آمده از طریق GeneMANIA با استفاده از ابزار EnrichNet برای تخمین ارتباط عملکردی مشخص بین ژن ها اعتبارسنجی شد. تجزیه و تحلیل غنی سازی بیش از مجموعه ای از ژن های ژن دارو و ژن های متقابل ژن استفاده شد. برای آزیترومایسین ، 23 ژن بارگذاری شد و هفت راه / فرآیند مشخص شد. برای Bevacizumab ، 58 ژن بارگذاری شد و 17 مسیر / فرآیند شناسایی شد. برای کلرو کوئین ، 23 ژن بارگذاری شد و شش مسیر / فرآیند شناسایی شد. برای هیدروکسی کلروکین ، 21 ژن بارگذاری شد ، و 11 مسیر / روند مشخص شد. برای لوپیناویر ، 16 ژن بارگذاری شد و 13 مسیر / فرآیند شناسایی شد. غنی سازی توزیع فاصله شبکه و اهمیت ژن های همپوشانی را نیز ایجاد کرد. شناسایی ژن توسط نتایج تجزیه و تحلیل غنی سازی ارائه شده در جدول 3 انجام شد. جدول 3 مسیرها و فرایندهایی را که ژن های تار شده در آن دخیل هستند نشان می دهد و اکنون مشخص شد که ژن هایی که توسط دارو و ژن های متقابل با دارو مورد هدف قرار گرفته اند- ژن های هدفمند در عملکردهای مهم بدن نقش داشتند. تأیید ژن های موجود در نت کار نیز انجام شد و در پرونده های تکمیلی با نقشه برداری شناسه ژن ارائه شد. بنابراین ، از نتایج تجزیه و تحلیل غنی سازی ، مسیرهای ژن های هدف دارویی و متقابل داروها را برای تخمین ارتباط عملکردی بین آنها تعیین کنید. تعامل ژن ها این واقعیت است که ژن ها به طور هماهنگ کار می کنند. با این وجود ، غنی سازی امتیازاتی برای اندازه گیری عملکردهای ژن ها نیز فراهم می کند.

Discussion

در این کار تحقیقاتی ، تجزیه و تحلیل مبتنی بر شبکه برای بررسی مسیرهای هدفمند شده داروها به طور مستقیم و غیرمستقیم انجام شد. آزیترومایسین به طور گسترده ای مورد استفاده قرار گرفت. با این حال ، گاهی اوقات عوارض جانبی مانند مطالعات قبلی ، اسهال ، ناراحتی دستگاه گوارش با درد شکم ، مشکلات مربوط به سیستم عصبی محیطی و حالت تهوع توسط هاپکینز (1991) و مک مولان و مستغیم (2015) ارائه می شود. برای آزیترومایسین ، ما با شناسایی بیست و نه ژن که مجدداً 94.07٪ از دامنه های پروتئینی مشترک و 5.03٪ از تعاملات ژنتیکی را بازنشسته می کنند ، مهمترین راه ها برای القا آن را شناسایی کردیم. Takahashi و همکاران (2020) گزارش داد که آزیترومایسین اثر فقط بر روی یک ژن ABCB1 رمزگذاری شده برای ترانس بورت P-گلیکوپروتئین را می توان در مسیر مشخص شده در مطالعه ما یافت.

آماوی و همکاران (2020) و گارسیا و همکاران (2020) گزارش داد که Beva-cizumab می تواند به عنوان درمان های COVID-19 استفاده شود. بعضی از عوارض جانبی جدی مانند فشار خون بالا ، ترومب-بومبولیسم ، پروتئینوریا است. لو و همکاران (2020) همچنین برخی از عوارض جانبی دیگر مانند افزایش انسداد قلب و عروق ، خونریزی ، تاخیر در ترمیم زخم و حوادث دستگاه گوارش را گزارش کرد. یانگ و همکاران (2008) اشاره کرد که Bevacizumab ارتباط خود را فقط با گیرنده های فاکتور رشد اندوتلیال واسکولار نشان می دهد. با این حال ، مسیرهای هفتگانه ای که در مطالعه ما با هفتاد و دو ژن مشخص شده است نشان دهنده 61.00-بیان مشترک ، 16.37 inte تعامل فیزیکی ، 10.78 مسیر ، 8.87 of پیش بینی ، 6.09 inte تعاملات ژنتیکی ، 3.07 co هم محلی سازی است و 3.88٪ از پروتئین های مشترک به محققان و داروسازی کمک می کند تا عوارض جانبی را از بین ببرند. در حال حاضر حداقل هشتاد آزمایش کلروکین ، هیدروکسی کلروکین به تنهایی یا در ترکیب با سایر داروها در سطح جهان انجام شده است. با این حال ، بسیاری از عوارض گزارش شده است ، از جمله عوارض چشم ، عمدتا رسوبات قرنیه توسط George و همکاران. (2018) ، عوارض جانبی قلب و عروق ، عوارض پوستی ، عوارض جانبی عصبی ، عوارض جانبی کبد ، عوارض زخم معده یا گاستریک توسط Ponticelli و Moroni (2017). مطالعه ای در مورد این داروها تأثیر آن را بر روی CYP2C8 ، SLCO1B1 ، CYP2D6 و SLCO1A2 نشان می دهد و به همین ترتیب ، ما شش مسیر برای کلروکین با بیست و پنج جنس شناسایی کردیم که می توان اثرات دارو را ایجاد کرد. مسیرهای مشخص شده نشان دهنده 13.50٪ بیان همزمان ، 67.64٪ تعامل فیزیکی ، 4.35٪ مسیر ، 35/6٪ پیش بینی ، 40/1٪ تعاملات ژنتیکی ، 6/17٪ محلی سازی مشترک و 0/59٪ پروتئین داخلی است. هشت مسیر و بیست و نه ژن شناسایی شده برای فیدروکسی کلروکین نشان دهنده 35.13٪ بیان همزمان ، 1.54٪ تعامل بدنی ، 19.92٪ مسیر و 29/8٪ پیش بینی ، 40/1٪ فعل و انفعالات ژنتیکی ، 87/1٪ هم محلی سازی و 25/35 است. دامنه های پروتئین مشترک.

برای لوپیناویر در مراقبت های پزشکی COVID-19 ، هیچ مزیتی مشاهده نشد ، اما برخی از مزایای ثانویه را نشان داد. چندین عارضه با لوپیناویر توسط Arabi و همکاران گزارش شده است. (2018) مانند حوادث گوارشی ، عوارض جانبی ، از جمله بی اشتهایی ، حالت تهوع ، ناراحتی شکمی یا اسهال ، و همچنین دو عارضه جانبی جدی ، هر دو تورم شدید گاز و توانایی تعامل با داروهای متعدد به دلیل پیشگیری از CYP3A به خوبی اثبات شده است . در اینجا ما سیزده مسیر را برای لوپیناویر شناسایی کردیم ، با 23 ژن هدف دارویی که 13.50٪ بیان همزمان ، 67.64٪ تعامل بدنی ، 4.35٪ مسیر و 6.35٪ پیش بینی ، 1.40٪ فعل و انفعالات ژنتیکی ، 6.17٪ هم محلی سازی ، و 0.59٪ از دامنه های پروتئین مشترک.

 

جدول 1

داروهایی که علیه COVID-19 استفاده می شوند با فرمول ها ، نوع ، وزن و فرمول های شیمیایی ذکر شده اند.

شکل 2

 

 

 

 

 ساختار داروهای بازیابی شده از DrugBank. (1) آزیترومایسین (2) Bevacizumab یک درمان مبتنی بر پروتئین (3) کلروکین (4) هیدروکسی کلروکین (5) لوپیناویر برای درمان COVID-19 ناشی از SARS-CoV-2.

جدول 2

اثر متقابل ژن دارویی در داروهای انتخابی اثر متقابل آن با ژن های هدف را نشان می دهد

شکل 3

. نمایانگر 94.07٪ دامنه های پروتئینی مشترک و 5.03٪ فعل و انفعالات ژنتیکی نشان داده شده توسط خطوط رنگی برای آزیترومایسین است.

 

شکل4

61.00 .00 بیان همزمان ، 16.37 interaction تعامل بدنی ، 10.78 of از مسیر ، 8.87 of پیش بینی ، 6.09 فعل و انفعالات ژنتیکی ، 3.07 co هم محلی سازی و 3.88 of از دامنه های پروتئین مشترک نشان داده شده توسط خطوط رنگی برای Bevacizumab را نشان می دهد .

شکل 5

13.50٪ بیان همزمان ، 67.64٪ تعامل بدنی ، 4.35٪ مسیر ، 35/6٪ پیش بینی ، 40/1٪ فعل و انفعالات ژنتیکی ، 6/17٪ محلی سازی مشترک و 59/0٪ دامنه های پروتئینی مشترک نشان داده شده توسط کلروکین .

شکل6 35.13٪ بیان همزمان ، 1.54٪ تعامل بدنی ، 19.92٪ مسیر ، 29/8٪ پیش بینی ، 40/1٪ فعل و انفعالات ژنتیکی ، 87/1٪ محلی سازی مشترک و 35،25٪ دامنه های پروتئینی مشترک نشان داده شده توسط خطوط رنگی برای هیدروکسی کلروکین را نشان می دهد .

 

شکل 7 13.50٪ بیان همزمان ، 67.64٪ تعامل فیزیکی ، 4.35٪ مسیر ، 6.35٪ پیش بینی ، 1.40٪ فعل و انفعالات ژنتیکی ، 6.17٪ هم محلی سازی و 59.5٪ دامنه های پروتئینی مشترک نشان داده شده توسط خطوط رنگی برای لوپیناویر را نشان می دهد

جدول 3

جدول 3

برای ژنهای آزیترومایسین ، Bevacizumab ، کلروکین ، هیدروکسی کلروکین و لوپیناویر بارگذاری شد و مسیرها / فرآیند مشخص شد که XD-Score ، مقادیر مختلف آزمون فیشر ، مقادیر q ، اندازه داده ها و ژن های همپوشانی با نمادها را نشان می دهد.

 

Conclusion

این مطالعه نشان می دهد مسیرهای هر دارویی که در آن ژن ها و داروهای هدف دار نقش مهمی دارند. این به متخصصان کمک می کند تا بر عوارض جانبی ناشی از این داروها غلبه کنند و با آنها مقابله کنند.

از بحث و نتایج فوق الذکر ، نتیجه گرفته شد که ژن های مورد هدف یک داروی خاص و ژن های دیگر که با ژن های هدف دارویی ارتباط برقرار می کنند ، ترکیب شده و برخی از توابع ذکر شده در مسیر / فرآیندها را انجام می دهند. پس از مصرف داروی خاص ، اگر عوارض جانبی یا عارضه ای به عملکرد / مسیر ذکر شده در جدول مربوط به هر دارو مربوط باشد ، پیش بینی درون سیلیسی این است که دارو عامل این عوارض است. مطالعه ما به متخصصان ویتامین کمک می کند تا بر عوارض جانبی غلبه کنند توسط آزیترومایسین ، بواسیزوماب ، کلروکین ، هیدروکسی کلروکین و لوپیناویر. این مطالعه آنالیز سیین سیلیژن را برای داروهای COVID-19 بررسی کرده است. همچنین اهداف احتمالی دارویی ذکر شده است که ژن ها و ژن های دیگری هستند که با آنها تعامل دارند و مسیر / عملی را که توسط این ژن ها در بدن انسان انجام می شود نشان می دهند.